Tuve un problema similar y descargué el jar de http://mvnrepository.com/artifact/org.freemarker/freemarker que funcionó bien.
Cuando echas un vistazo a build.gradle en el proyecto DaoGenerator, encontrará una dependencia que apunta exactamente a este artefacto. Supongo que usar gradle para construir su proyecto descarga automáticamente estas dependencias al igual que lo hace maven. Si no desea utilizar ninguno de los dos, probablemente esté bien descargar e incluir los artefactos manualmente.
