Debe poner todos los cambios en su método onUpgrade, puede usar este código:
@Override
public void onUpgrade(SQLiteDatabase db, int oldVersion, int newVersion) {
String sql = "ALTER TABLE " + TABLE_SECRET + " ADD COLUMN " +
"name_of_column_to_be_added" + " INTEGER";
db.execSQL(sql);
}
esto agrega una columna en su base de datos actual. Su base de datos no perderá datos. Recordatorio:se llamará a onUpgrade cuando se ejecute getWriteableDatabase o getReadableDatabase Y la versión de su base de datos sea diferente de su versión anterior.