Uno de los formatos de fecha/hora compatibles con SQLite son las marcas de tiempo de Unix, es decir, segundos desde 1970. Para convertir milisegundos a eso, simplemente divida por 1000.
Luego use alguna función de fecha/hora para obtener el año y el mes:
SELECT strftime('%Y-%m', MillisField / 1000, 'unixepoch') FROM MyTable
