Finalmente "resuelva" el problema al compilar desde la fuente postgis 2.2.2 (que también requiere gdal, proj4 y geos) y luego emitir
CREATE EXTENSION postgis;
CREATE EXTENSION postgis_topology;
desde DROP EXTENSION postgis;
me dice que postgis ya no estaba presente.
Y finalmente:
ALTER EXTENSION postgis UPDATE TO '2.2.2';
ALTER EXTENSION postgis_topology UPDATE TO '2.2.2';
Obtuve acceso nuevamente a mis datos y funciones geom de PostgreSQL 9.4. Parece que compilar desde la fuente actualizó correctamente la ruta variable para postgresql e instaló /usr/lib/postgresql/9.4/lib/postgis-2.2.así que ya no estaba presente (para postgis-2.1.so también), incluso con (re)instalación desde apt-get.
Espero que esto ayude.