SQLAlchemy no conoce su aplicación Flask. Entonces, si desea usar SQLAlchemy puro, debe administrar las conexiones.
Tratar estos temas por sí mismo sin suficiente conocimiento sobre las conexiones de base de datos, las conexiones persistentes y la agrupación de conexiones puede generar errores y un rendimiento muy bajo. La mejor práctica es usar Flask-SQLAlchemy para abstraer la gestión de la conexión db.