¡Como su aplicación de matraz y las imágenes de Postgres no están en el mismo contenedor acoplable, no puede acceder a la base de datos a través de localhost!
en la URL de su base de datos, reemplace localhost el nombre del servicio Postgres en docker-compose/
engine = create_engine('postgresql://user:[email protected]{}:5432/database'.format('service_name_of_postgres'))
felicitaciones por esta respuesta.