intente reelaborar su consulta de la siguiente manera:
EXECUTE 'update '|| (schemanm||'.'||tname)::regclass ||' set ' || quote_ident(cname) ||' = ''NaN'' WHERE '|| quote_ident(cname) ||' = 999;'
porque la conversión a regclass
está tratando de buscar dentro de las relaciones registradas. y el esquema no es relación.
o puedes
EXECUTE 'update '|| quote_ident(schemanm)||'.'||quote_ident(tname) ||' set ' || quote_ident(cname) ||' = ''NaN'' WHERE '|| quote_ident(cname) ||' = 999;'