Pude resolver mi problema desinstalando y luego reinstalando todas las bibliotecas (como paquetes de ubuntu), el intérprete de python, todo el código, volviendo a generar la base de datos (incluida la reinstalación de postgis) y luego reiniciando completamente nginx (y así gunicornio). Sin embargo, no se actualizó ninguna biblioteca, por lo que todavía no entiendo qué sucedió realmente.
