Preprocese el archivo CSV o (lo que probablemente haría) impórtelo en una copia temporal de la tabla de destino y INSERT
solo columnas seleccionadas en un segundo paso:
CREATE TEMP TABLE tmp AS SELECT * FROM target_table LIMIT 0;
ALTER TABLE tmp ADD COLUMN etra_column1 text
, ADD COLUMN etra_column2 text; -- add excess columns
COPY tmp FROM '/path/tp/file.csv';
INSERT INTO target_table (col1, col2, col3)
SELECT col1, col2, col3 FROM tmp -- only reelvant columns
WHERE ... -- optional, to also filter rows
Una tabla temporal se elimina automáticamente al final de la sesión. Si el procesamiento lleva más tiempo, utilice una mesa normal.