No es necesario pasarlos como propiedades del sistema, puede recoger las variables de entorno de Heroku en su application.conf
archivo
...
db.default.driver=org.postgresql.Driver
db.default.url=${DATABASE_URL}
Luego defina esto en su Procfile
web: target/start -Dhttp.port=${PORT} ${JAVA_OPTS} -Dconfig.resource=application.conf
Debería recoger el DATABASE_URL
propiedad para el medio ambiente de Heroku. Aunque recomiendo crear un archivo de configuración que sea específico para el entorno de Heroku (es decir, heroku-prod.conf), pero esto es solo un ejemplo.