Elimine los duplicados de una tabla y vuelva a vincular las filas de referencia al nuevo maestro

Este único comando debería hacerlo todo:

WITH blacklist AS (  -- identify duplicate IDs and their master
   SELECT *
   FROM  (
      SELECT transcription_id
           , min(transcription_id) OVER (PARTITION BY text, citation) AS master_id
      FROM   transcription
      ) sub
   WHERE  transcription_id <> master_id
   )
, upd AS (  -- redirect referencing rows
   UPDATE town_transcription tt
   SET    transcription_id = b.master_id
   FROM   blacklist b
   WHERE  b.transcription_id = tt.transcription_id
   )
DELETE FROM transcription t  -- kill dupes (now without reference)
USING  blacklist b
WHERE  b.transcription_id = t.transcription_id;

Por falta de definición, elegí la fila con el ID más pequeño por grupo como fila principal superviviente.

Las restricciones de FK no interfieren a menos que tenga configuraciones no predeterminadas. Explicación detallada:

• ¿Cómo eliminar filas duplicadas con dependencias de claves externas?
• Elimine los duplicados y redirija las filas de referencia al nuevo maestro

Después de eliminar los duplicados, es posible que desee agregar un UNIQUE restricción para evitar que vuelva a ocurrir el mismo error:

ALTER TABLE transcription
ADD CONSTRAINT transcription_uni UNIQUE (text, citation);