Si usas la bandera
PlayKeys.externalizeResources := false
el zip de distribución se crea sin conf carpeta y, por lo tanto, el archivo META-INF/persistence.xml no está incluido. Supongo que en este caso Play detecta el modelo JPA escaneando todas las anotaciones de DB. Si tienes en conf archivos de configuración de carpetas, destinados a la edición en el sitio, paquete de distribución sin conf carpeta no es apropiada.
Para solucionar su problema de base de datos sin la marca PlayKeys.externalizeResources debe agregar su asignación de modelo de base de datos en persistence.xml . Vea el ejemplo en otro responder
