Suelte la clave principal primero y cree una secuencia temporal.
alter table mytable drop constraint mydata_pkey;
create temporary sequence temp_seq;
Usa la secuencia para actualizar:
update mytable
set id = nextval('temp_seq');
Vuelva a crear la clave principal y suelte la secuencia
alter table mytable add primary key (id);
drop sequence temp_seq;
Si hay una dependencia de clave externa en esta tabla, primero tendrá que lidiar con ella y la actualización será un procedimiento más complejo.