TRUNCATE necesita crear un nuevo archivo (vacío) para la tabla, lo que probablemente cause su problema. Puedes DROP la tabla y recréala.
Otra forma más engorrosa sería
DELETE FROM table_name;
VACUUM table_name; -- no FULL!
Mientras VACUUM normalmente no reduce la tabla, truncará las páginas vacías del final de la tabla. Si la tabla está vacía, eso eliminaría todas las páginas.
