¿Ha intentado ejecutar la migración directamente desde bash dentro del servidor heroku? Si no, intente lo siguiente...
heroku run bash --app your_app_name_goes_here
bundle exec rake db:migrate
La primera línea de código abre la terminal de comandos de bash y la segunda migra la base de datos como de costumbre.
Esta no sería la solución sugerida. Pero, en caso de que NO le importe perder datos en la base de datos, puede intentar restablecer la base de datos primero y volver a intentarlo. Nuevamente, ¡no haga esto a menos que esté dispuesto a perder los datos existentes!
heroku pg:reset DATABASE
heroku run rake db:migrate
Sin embargo, puede realizar esto a través de bash como antes.
Espero que esto te ayude.