Tuve exactamente el mismo problema con una base de datos postgres y una aplicación Django ejecutándose con docker-compose.
Resulta que el Dockerfile de mi aplicación estaba usando un punto de entrada en el que se ejecutó el siguiente comando:python manage.py flush que borra todos los datos de la base de datos. Como esto se ejecuta cada vez que se inicia el contenedor de la aplicación, borra todos los datos. No tenía nada que ver con docker-compose.
