Índices en las columnas pk referenciadas en las otras tablas no lo cubras.
Al definir las dos columnas fk como clave principal compuesta de la tabla "entidad asociativa" (como debería hacerlo en la mayoría de los casos, siempre que las asociaciones sean únicas), crea implícitamente un índice de varias columnas.
Eso cubre todas las consultas relacionadas con ambas o las primeras columnas de manera óptima.
También cubre consultas en la segunda columna , pero de una forma menos eficaz.
Si tiene consultas importantes relacionadas solo con la segunda columna, cree un índice adicional en esa también.
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