La eliminación de 3,7 millones de filas lleva mucho tiempo debido a la sobrecarga de buscar cada fila y luego registrar y eliminar las filas. Solo pensar en todas las páginas sucias, registros y errores de caché es alucinante, sin mencionar las actualizaciones de los índices también.
Por esa razón, algo como esto puede ser mucho más rápido:
create temporary table temp_n2p as
select n2p.*
from "target".name2phoneme n2p
where not exists (select 1
from delta.name2phoneme d
where n2p.NAME_ID = d.NAME_ID and
n2p.PHONEME_ID = d.PHONEME_ID
);
truncate table "target".name2phoneme;
insert into "target".name2phoneme
select *
from temp_n2p;
También debe eliminar los índices antes del truncamiento y luego volver a crearlos.