Simplemente convierta a una cadena:
db.session.query(Vehicle).filter(str(Car.id) == Vehicle.value)
if Car.id es una variable local que es un int.
Si necesita usar esto en una combinación, haga que la base de datos lo convierta en una cadena:
from sqlalchemy.sql.expression import cast
db.session.query(Vehicle).filter(cast(Car.id, sqlalchemy.String) == Vehicle.value)
Si el valor de la cadena en la otra columna contiene dígitos y posiblemente espacios en blanco es posible que deba considerar recortar o, en su lugar, convertir el valor de la cadena en un número entero (y dejar la columna de números enteros en un número entero).
