Eche un vistazo a la página web de acceso a datos de Spring , particularmente la sección 11.7. 3 donde usar NamedParameterJdbcTemplate para construir una cláusula 'IN' está cubierta.
por ejemplo
NamedParameterJdbcTemplate jdbcTemplate = new NamedParameterJdbcTemplate(dataSource);
String sql = "select * from emp where empno in (:ids)";
List idList = new ArrayList(2);
idList.add(new Long(7782));
idList.add(new Long(7788));
Map parameters = new HashMap();
parameters.put("ids", idList);
List emps = jdbcTemplate.query(sql, parameters, new EmpMapper());