La interfaz de consulta es parte de SQLAlchemy ORM y table no está asignado a una clase.
La respuesta a la que se vinculó usa metadatos enlazados (desaconsejado en SQLAlchemy moderno). Lo siguiente debería funcionar:
stmt = table.delete().where(table.c.column.in_([1,2,3,4,5]))
with engine.connect() as conn:
conn.execute(stmt)
Editar:
Me di cuenta de que puedes hacer esto:
session.query(table).filter(table.c.column.in_([1,2,3,4,5])) \
.delete(synchronize_session=False)
