En las declaraciones anteriores, no está utilizando los índices.
Podrías hacer algo como:
SELECT * FROM tableA a
FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID
Luego podría usar la misma declaración para mostrar qué tablas tenían valores faltantes
SELECT * FROM tableA a
FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID
WHERE ISNULL(a.someID) OR ISNULL(b.someID)
Esto debería proporcionarle las filas que faltaban en la tabla A O en la tabla B
