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PostgreSQL:penalización de rendimiento por unir dos tablas en esquemas separados

No, un esquema es solo un espacio de nombres.

El rendimiento puede ser diferente cuando las tablas (o sus índices) se almacenan en espacios de tablas diferentes. Un tablespace puede estar en un dispositivo de almacenamiento rápido y el otro en uno lento. Pero esa es tu elección y no tiene nada que ver con un esquema.