Flask-Migrate no lee en la base de datos para ver las dependencias entre los objetos. Puede lograr una migración exitosa reordenando drop_table en su archivo de migración.
Lo que puede hacer es modificar el archivo de migración así:
op.drop_table("parameter_subtype")
op.drop_table("parameter")
Y luego ejecute el comando de actualización. Normalmente, ordenar la caída en este orden debería resolver el problema.
