Ordenando el resultado de la consulta por cadenas numéricas en django (backend de postgres)

En primer lugar, preguntaría por qué tiene una columna varchar que debe tratarse como numérica, pero no importa.

Puedes usar el extra método queryset para convertir su cadena:

MyTable.objects.extra(select={'int_name': 'CAST(t.name AS INTEGER)'},
                      order_by=['int_name'])