Una de las causas de esto en el pasado han sido los problemas de rutas de importación de módulos.
Específicamente, usando una instalación de mod_wsgi compilada contra una versión de Python y luego usando WSGIPythonPath u otros medios para configurar la ruta de Python para hacer referencia a un entorno virtual de Python construido usando una versión diferente de Python.
Por lo tanto, valide para qué versión de Python mod_wsgi se compiló e instaló. Si no es Python 2.7, sino una versión anterior de Python, puede tener este problema específico.
Para saber cómo comprobar qué mod_wsgi se compiló para su uso:
http://code.google.com/p/modwsgi/wiki/CheckingYourInstallation #Python_Shared_Library
http://code.google.com/p/modwsgi/wiki/CheckingYourInstallation #Python_Installation_In_Use
También puede valer la pena verificar las diferencias de revisión de nivel de parche de Python al observar para qué se compiló mod_wsgi. Recuerdo que hubo un problema en un punto como este entre Python 2.7.1 y 2.7.2 allí.
Si los paquetes de su sitio de Python están en /usr/local, entonces es muy posible que mod_wsgi use una versión diferente en /usr.