En mi caso, creé manualmente el script de migración sql. Sin embargo, esto podría no funcionar si decide usar una base de datos diferente.
operations = [
migrations.RenameModel(
old_name='Permission',
new_name='TemplatePermission',
),
migrations.RunSQL('alter sequence myapp_permission_id_seq rename to myapp_templatepermission_id_seq;'),
]