Gracias por tus ideas, si agregamos un índice como
CREATE INDEX t3_t1_nr ON t3(t1_nr);
la declaración "MALO" mejorará un poco.
Pero la solución final para nosotros fue aumentar las estadísticas recopiladas para estas tablas:
ALTER TABLE t1 ALTER COLUMN t1_nr SET STATISTICS 10000;
ALTER TABLE t2 ALTER COLUMN t2_nr SET STATISTICS 10000;
ALTER TABLE t3 ALTER COLUMN t1_nr SET STATISTICS 10000;
ANALYZE t1;
ANALYZE t2;
ANALYZE t3;
Después de este cambio, ambos SELECT tienen más información sobre el mismo tiempo de ejecución. Puede encontrar más información aquí:https://www.postgresql.org/docs/12/planner-stats.html