En mi humilde opinión, el mayor problema con hibernación son:1. Problemas de rendimiento en comparación con Raw JDBC en grandes volúmenes de datos.2. problemas de mapeo complejos cuando se trata de gráficos de objetos grandes y demás. dedicaría mucho tiempo a configurar su modelo de dominio para que funcione correctamente con hibernate.
la otra alternativa para usted es usar los marcos JDBC de Spring que le brindarían las capacidades de serialización de objetos de hibernación con un control más detallado sobre las consultas JDBC, y es más escalable y, en mi opinión, mucho más fácil de desarrollar