¿Qué tal hacerlo de esta manera?
(Omita este paso si ya tiene listo el archivo de migración)
Creará migraciones para ese paquete, digamos con un nombre como 0001_initial.py
Edite el archivo manualmente para eliminar todos los modelos excepto el que ya se creó en la base de datos.
Ahora haces una migración falsa. Esto sincronizará su base de datos con los modelos.
Luego ejecute makemigrations nuevamente para crear el resto de las tablas junto con un nuevo archivo de migración.
Con respecto a su otra pregunta, por qué makemigrations no reconoció sus modelos puede deberse a razones como:
- Las migraciones para esos cambios ya están en algún archivo de migración.
- Olvidaste mencionar package_name en INSTALLED_APPS pero creo que lo hiciste aquí.