Mierda, en realidad me di cuenta de esto yo mismo. Solo tenía que eliminar la unión en la definición del método:
def self.from_users_followed_by(user)
followed_user_ids = user.followed_user_ids
where("user_id IN (?) OR user_id = ?", followed_user_ids, user)
end
user.followed_user_ids.join(', ')
produce esto:"1, 2, 3"
mientras
user.followed_user_ids
produce esto:1, 2, 3
que es lo que quería.