¿Hay alguna forma segura de modificar la tabla pg_constraint para que no se realicen más comprobaciones (temporalmente)?

Puedes...

ALTER TABLE tbl DISABLE TRIGGER ALL;

Esto deshabilita todos los activadores de la mesa permanentemente. Así que no olvides ejecutar más tarde:

ALTER TABLE tbl ENABLE TRIGGER ALL;

-> Manual 8.3

Puedes...

SET CONSTRAINTS ALL DEFERRED;

Esto hace que todas las restricciones diferibles esperen hasta el final de la transacción .
-> Manual 8.3

nunca debes juegue con las tablas en el catálogo del sistema manualmente a menos que sea un hacker y sepa exactamente lo que está haciendo. Los humanos mortales deberían usar DDL comandos exclusivamente para afectar el catálogo del sistema.