Postgresql:consulta que devuelve datos incorrectos

Tu WHERE cláusula selecciona filas donde empgroupid es 500 o 501, no empid s donde todos los empgroupid s forman la matriz [500, 501] .

Podrías usar un ARRAY_AGG en el HAVING cláusula:

SELECT empid 
FROM empgroupinfo 
GROUP BY empid
-- ORDER BY clause here is important, as array equality checks elements position by position, not just 'same elements as'
HAVING ARRAY_AGG(DISTINCT empgroupid ORDER BY empgroupid) = ARRAY[500, 501]

Dependiendo de dónde esté el [500, 501] proviene la matriz, es posible que no sepa si está ordenado o no. En ese caso, "contiene Y está contenido por" (operadores @> y <@ ) también debería funcionar.

#= CREATE TABLE empgroupinfo (empid int, empgroupid int);
CREATE TABLE
Time: 10,765 ms

#= INSERT INTO empgroupinfo VALUES (1, 500), (1, 501), (2, 500), (2, 501), (2, 502);
INSERT 0 5
Time: 1,451 ms

#= SELECT empid 
   FROM empgroupinfo 
   GROUP BY empid
   HAVING ARRAY_AGG(empgroupid ORDER BY empgroupid) = ARRAY[500, 501];
┌───────┐
│ empid │
├───────┤
│     1 │
└───────┘
(1 row)

Time: 0,468 ms