Basado en el comentario de H. Herzl:
Mi solución final fue algo como esto:
public class MyTableClass
{
public int Id { get; set; }
[Column(TypeName = "jsonb")]
public string Data { get; set; }
}
Las migraciones generaron esto:
Data = table.Column<string>(type: "jsonb", nullable: true),
Al actualizar la base de datos con migraciones, la columna Datos se creó correctamente con tipo jsonb.
¡Gracias H. Herzl!