Probablemente la forma más sencilla de hacer esto es recrear toda la base de datos. En Ubuntu, se ve así:
sudo su postgres
psql
drop database your_database_name;
create database your_database_name with owner user_you_use_in_django;
\q
exit
Eso es todo. Tienes una base de datos limpia. Para que esté listo para funcionar, debe ejecutar migraciones con python manage.py migrate
.
Si está trabajando solo en su proyecto, puede eliminar y volver a crear migraciones, si lo desea.