Puede obtener la lista de índices, su tabla y columna utilizando esta consulta:
select
t.relname as table_name,
i.relname as index_name,
a.attname as column_name
from
pg_class t,
pg_class i,
pg_index ix,
pg_attribute a
where
t.oid = ix.indrelid
and i.oid = ix.indexrelid
and a.attrelid = t.oid
and a.attnum = ANY(ix.indkey)
and t.relkind = 'r'
-- and t.relname like 'mytable'
order by
t.relname,
i.relname;
Desde allí, puede verificar la existencia por nombre de índice o columna(s) involucrada(s) y decidir crear/omitir el índice.