Creo que puedes configurar autocommit
en Flask-SQLAlchemy haciendo esto:
from flask.ext.sqlalchemy import SQLAlchemy
db = SQLAlchemy(session_options={'autocommit': True})
Editar:el 'flask.ext.' El formulario ahora está en desuso (ver aquí )
from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy
db = SQLAlchemy(session_options={'autocommit': True})