Esta publicación me señaló en la dirección correcta. La documentación
para extras.execute_values
también contiene un gran ejemplo usando UPDATE
cláusula.
c = db.cursor()
update_query = """UPDATE my_table AS t
SET name = e.name
FROM (VALUES %s) AS e(name, id)
WHERE e.id = t.id;"""
psycopg2.extras.execute_values (
c, update_query, new_values, template=None, page_size=100
)