En la misma línea que el original, entonces, debería poder hacer lo siguiente. Esto cambia el nombre de todas las columnas que aún no están en minúsculas, extrayéndolas del esquema de información, generando SQL para los cambios, almacenándolo en un archivo y luego ejecutando el SQL nuevamente.
\t on
select 'ALTER TABLE '||'"'||table_name||'"'||' RENAME COLUMN '||'"'||column_name||'"'||' TO ' || lower(column_name)||';'
from information_schema.columns
where table_schema = 'public' and lower(column_name) != column_name
\g /tmp/go_to_lower
\i /tmp/go_to_lower