Flyway siempre opera dentro de la base de datos utilizada en la cadena de conexión jdbc.
Una vez conectado, todos los scripts se ejecutan dentro de una transacción. Como CREAR BASE DE DATOS no es compatible con las transacciones, no podrá lograr lo que desea.
Sin embargo, lo que puede hacer es crear un esquema. Flyway incluso hará esto por ti, si apuntas a uno que no existe.
