Del buen manual:
Hay dos formas de modificar una tabla usando información contenida en otras tablas en la base de datos:usando subselecciones o especificando tablas adicionales en el FROM cláusula.
Así que solo necesitas una cláusula FROM:
WITH stops AS (
-- ...
)
UPDATE consistent.master
SET arrest_id = stops.stop
FROM stops -- <----------------------------- You missed this
WHERE citing_jurisdiction=1
AND stops.citation_id = consistent.master.citation_id;
El mensaje de error incluso lo dice:
ERROR:falta la entrada de la cláusula FROM para la tabla "paradas"
