El enfoque con jsonb_array_elements
y jsonb_set
fue la idea correcta, pero de alguna manera los anidaste al revés:
UPDATE myTable SET myColumn = jsonb_set(myColumn, '{A}', (
SELECT jsonb_agg( element || '{"myArray":[]}' )
FROM jsonb_array_elements(myColumn -> 'A') element
));
Por cierto, si su columna ya tiene jsonb
tipo de datos, no debería necesitar ninguna conversión.