No puede usar marcadores de posición dentro de comillas. Puede usar la concatenación de cadenas SQL, pero en este caso, es más fácil hacerlo usando la multiplicación:
my $query = $dbh->prepare (q{SELECT
arrival_date - ? * INTERVAL '1 MINUTE'
FROM emails LIMIT 1});
$query->execute(60);
De esa manera, no tienes que agregar ' minutes'
al número cuando ejecuta la consulta.