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¿Es mejor usar múltiples bases de datos con un esquema cada una, o una base de datos con múltiples esquemas?

Un "esquema" de PostgreSQL es más o menos lo mismo que una "base de datos" de MySQL. Tener muchas bases de datos en una instalación de PostgreSQL puede resultar problemático; tener muchos esquemas funcionará sin problemas. Así que definitivamente querrás usar una base de datos y múltiples esquemas dentro de esa base de datos.