¿Java JDBC ignora setFetchSize?

Intente desactivar la confirmación automática:

// make sure autocommit is off
connection.setAutoCommit(false);

 st = connection.createStatement();
 st.setFetchSize(1000);
 System.out.println("start query ");
 rs = st.executeQuery(queryString);
 System.out.println("done query");

Referencia