Tome un volcado de la base de datos y controle la versión en su lugar. De esta forma es un archivo de texto plano.
Personalmente, sugiero que mantenga un volcado de datos y un volcado de esquema. De esta manera, al usar diff, se vuelve bastante fácil ver qué cambió en el esquema de una revisión a otra.
Si está realizando grandes cambios, debe tener una base de datos secundaria en la que realice los cambios de esquema nuevos y no toque la anterior, ya que, como dijo, está creando una rama.