el mismo problema. fue un problema de permisos.
ejecución de shell desde php:
'mysql --user=root --password=zxc db < /stuff.sql'
cosas.sql
LOAD DATA LOCAL INFILE '/stuff.csv' INTO TABLE `stuff` FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n'
Errores con paquetes mal formados.
chmod 777 /stuff.csv
PHP se está ejecutando en su propio nivel de permiso y mysql no tiene acceso de lectura a stuff.csv
Obtienes una cookie si odias chmod 777