No, MySQL es inteligente y no será más lento . No se tome la molestia de verificar eso, MySQL lo hará por usted.
Si establece una columna en el valor que tiene actualmente, MySQL lo nota y no lo actualiza. No se realiza ninguna acción de escritura. (Fuente )
PERO,
MySQL puede usar la cláusula WHERE en la columna a actualizar para determinar qué índice usar (y, por lo tanto, qué filas examinar), en cuyo caso podría acelerar su operación de ACTUALIZACIÓN. Si su columna está indexada, inclúyala .