flask.ext. es un patrón obsoleto que se usaba predominantemente en extensiones y tutoriales más antiguos. La advertencia le indica que lo reemplace con la importación directa, que supone que es flask_mysql . Sin embargo, Flask-MySQL utiliza un patrón aún más obsoleto, flaskext. . No hay nada que pueda hacer al respecto además de convencer al mantenedor para que publique una nueva versión que lo solucione. from flaskext.mysql import MySQL debería funcionar y evitar la advertencia, aunque preferiblemente el paquete se actualizaría para usar flask_mysql en su lugar.
