¿Por qué usar una subselección? INSERTAR EN... SELECCIONAR existe:
INSERT INTO crawlLog (companyId, timeStartCrawling)
SELECT companies.id, NOW()
FROM companies
LEFT OUTER JOIN crawlLog
ON companies.id = crawlLog.companyId
WHERE crawlLog.companyId IS NULL
LIMIT 1
Y de esa manera no debería quejarse de usar una tabla tanto en la parte INSERT como en la parte SELECT